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微生物染色的基本原理，是憑借物理要素和化學要素的效果而進行的。物理要素如細胞及細胞物質對染料的毛細現象、浸透、吸附效果等?；瘜W要素則是依據細胞物質和染料的不一樣性質而發作地各種化學反應。酸性物質關于堿性染料較易吸附，且吸附效果安定；相同，堿性物質對酸性染料較易于吸附。如酸性物質細胞核關于堿性染料就有化學親和力，易于吸附?？墒?，要使酸性物質染上酸性資料，有必要把它們的物理方式加以改動（如改動pH值），才利于吸附效果的發作。

相反，堿性物質（如細胞質）一般僅能染上酸性染料，若把它們變為適合的物理方式，也相同能與堿性染料發作吸附效果。細菌的等電點較低，pH值大約在2—5之間，故在中性、堿性或弱酸性溶液中，菌體蛋白質電離后帶陰電荷；而堿性染料電離時染料離子帶陽電。因而，帶陰電的細菌常和帶陽電的堿性染料進行聯系。所以，在細菌學上常用堿性染料進行染色。