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細胞核著色不佳，細胞核著色過淺，鹽酸分化時間過長或 蘇木素染液時間過長。需要縮短分化時間或延長堿化時間；每日加入少量新鮮蘇木素染液或重新配制蘇木素液。在固定之前制片干燥。所以對巴氏染色的制片需要嚴格遵守濕固定的原則。自來水的PH值偏酸性。使用堿性溶液。

細胞核著色過深，鹽酸溶液濃度不夠。適當加入幾滴鹽酸以增加濃度。制片用高于95%以上濃度的 酒精固定后可以出現染色過深。應用95%酒精固定。

細胞漿著色不佳，如果全片內胞漿都淡染，則需要延長染色時間或更換新液。如果胞漿不分色，均為淺紅色。制片在固定前干燥或制片被有大量球菌樣細菌影響胞漿染色。此情況可以適當增加染色時間能夠部分糾正不分色狀況。胞漿染成灰色或紫色，是由于 蘇木素染色時間過長或鹽酸分化不佳。經過褪色后重新蘇木素可以糾正。由于標本的不同，同樣配方的EA染液可造成偏藍、偏綠和偏紅，對不同的標本應該使用不同的EA染液。般認為，EA36和EA50用于婦科標本，而EA65或改良EA用于非婦科標本。